Lebih dari 700 tahun lalu, pada tahun 1251, Gyokusen-ji dibangun sebagai kuil untuk mempraktekkan tradisi Buddha di Jepang yaitu Soto Zen. Soto Zen adalah salah satu tradisi Zen terbesar di Jepang. Penemu kuil ini adalah seorang ahli zen yang berasal dari Kerajaan Goryeo (Kerajaan di Korea) yang kemudian menuntut ilmu di Cina. Ketika ia sampai di Jepang, ia menyebarkan tradisi zen tersebut dari kuil ini. Di setiap musim, Gyokusen-ji dipenuhi beragam jenis bunga. Di musim semi, sakura bemekaran, sedangkan di awal musim panas, bermacam bunga seperti azalea, primrose Jepang dan iris bermekaran. Ketika musim gugur tiba, kuil ini dipenuhi dengan daun clover dan bunga anemone Jepang. Karena dipenuhi bunga-bunga tersebut, maka kuil ini disebut “Kuil Bunga”.